Le Cormoran au contrôle des pêches
enveloppe du Patrouilleur Cormoran avec flamme de Cherbourg-Octeville en date du 2 décembre 2008
La mission principale du Cormoran est de patrouiller dans la zone économique exclusive (ZEE) française, qui s'étend jusqu'à 200 nautiques des côtes de France. De facto, cette mission consiste essentiellement en la police des pêches.Tous les pays membres de l'Union européenne peuvent pêcher dans la ZEE française ; néanmoins, les bâtiments doivent respecter une réglementation touffue, à la fois européenne et nationale. Ces règlements définissent les espèces autorisées et la taille minimale des prises.
Ils recouvrent aussi les types de matériels de pêche autorisés, les licences et les quotas auxquels les bâtiments sont soumis. Cette réglementation très complexe est destinée avant tout à assurer une gestion convenable de la ressource halieutique afin de la préserver pour l'avenir.Pour les pêcheurs qui seraient tentés de s'écarter de la loi, la présence des patrouilleurs est un élément dissuasif important. 
Lorsque des conduites illégales sont suspectées ou avérées, il est rendu compte aux autorités à terre (affaires maritimes) qui décident de la suite à donner. Celle-ci peut, selon la gravité de l'infraction, aller d'un simple avertissement à un déroutement vers un port français, afin d'y conduire des investigations plus poussées avec des éventuelles poursuites judiciaires.
